A apatia só iria cessar quando D. João III ascendeu ao trono. Na década de 1530, Portugal começava a perder a hegemonia do comércio na África Ocidental e no Índico. Circulavam insistentes notícias da descoberta de ouro e de prata na América Espanhola. Então, em 1532, o rei decidiu ocupar as terras pelo regime de capitanias, mas num sistema hereditário, pelo qual a exploração passaria a ser direito de família. O capitão e governador, títulos concedidos ao donatário, teria amplos poderes, dentre os quais o de fundar povoamentos (vilas e cidades), conceder sesmarias e administrar a justiça. O sistema de capitanias hereditárias implicava na divisão de terras vastíssimas, doadas a capitães-donatários que seriam responsáveis por seu controle e desenvolvimento, e por arcar com as despesas de colonização. Foram doadas aos que possuíssem condições financeiras para custear a empresa da colonização, e estes eram principalmente “membros da burocracia estatal” e “militares e navegadores ligados à conquista da Índia” (segundo Eduardo Bueno em “História de Brasil”). De acordo com o mesmo autor, a sugestão teria sido dada ao rei por Diogo de Gouveia, ilustre humanista português, e respondia a uma “absoluta falta de interesse da alta nobreza lusitana” nas terras americanas.
Foram criadas, nesta divisão, quinze faixas longitudinais de diferentes larguras que iam de acidentes geográficos no litoral até o Meridiano das Tordesilhas, e foram oferecidas a doze donatários. Destes, quatro nunca foram ao Brasil; três faleceram pouco depois; três retornaram a Portugal; um foi preso por heresia (Tourinho) e apenas dois se dedicam à colonização (Duarte Coelho na Capitania de Pernambuco e Martim Afonso de Sousa na Capitania de São Vicente).
Das quinze capitanias originais, apenas as capitanias de Pernambuco e de São Vicente prosperaram. As terras brasileiras ficavam a dois meses de viagem de Portugal. Além disso, as notícias das novas terras não eram muito animadoras: na viagem, além do medo de “monstros” que habitariam o oceano (na superstição europeia), tempestades eram frequentes; nas novas terras, florestas gigantescas e impenetráveis, povos antropófagos e não havia nenhuma riqueza mineral ainda descoberta. Em 1536, chegou o donatário da capitania da Baía de Todos os Santos, Francisco Pereira Coutinho, que fundou o Arraial do Pereira, na futura cidade do Salvador, mas se revelou mau administrador e foi morto pelos tupinambás. Tampouco tiveram maior sucesso as capitanias dos Ilhéus e do Espírito Santo, devastadas por aimorés e tupiniquins.
